Członkami DFUP są następujące samorządy doktorantów:

• Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II
• Uniwersytetu Gdańskiego
• Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
• Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Uniwersytetu Jana Kochanowskiego w Kielcach
• Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego
• Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy
• Uniwersytetu Łódzkiego
• Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej
• Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu
• Uniwersytetu Opolskiego
• Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie
• Uniwersytetu Rzeszowskiego
• Uniwersytetu Szczecińskiego
• Uniwersytetu Śląskiego
• Uniwersytetu w Białymstoku
• Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie
• Uniwersytetu Warszawskiego
• Uniwersytetu Wrocławskiego
• Uniwersytetu Zielonogórskiego